Il suffit pour cela d’utiliser la fonction register_nav_menus() de WordPress

register_nav_menus( array(
   'primary' => __( 'Primary Menu', 'themename' ),
   'footer' => __( 'Footer Menu', 'themename' ),
   'sidebar' => __( 'Sidebar Menu', 'themename' )
    ) );

l’idéal est d’accrocher cette fonction au hook after_setup_theme
le code complet devient :

function mes_menus_setup() {

  	register_nav_menus( array(
    		'primary' => __( 'Primary Menu', 'themename' ),
    		'footer' => __( 'Footer Menu', 'themename' ),
    		'sidebar' => __( 'Sidebar Menu', 'themename' )
     	) );
}
add_action( 'after_setup_theme', 'mes_menus_setup' );

Pour afficher le menu de votre choix vous utiliserez la fonction de WordPress wp_nav_menu()

    <?php wp_nav_menu( array( 'container_class' => 'menu-wrap menu-primary-wrap', 'theme_location' => 'primary' ) ); ?>

l’argument passé à cette fonction est un tableau, qui nous permet par exemple de donner un ou des classes css au conteneur de notre menu. ‘theme_location’ désigne l’identifiant du menu que vous souhaitez afficher